Ο Μανώλης Κεφαλογιάννης γεννήθηκε στην Κρήτη το 1959. Είναι παντρεμένος με την Γκρατσιέλα Γκρόλλο-Κεφαλογιάννη με την οποία έχουν 3 παιδιά.
• Σπούδασε Πολιτικές & Οικονομικές Επιστήμες στο Πανεπιστήμιο Αθηνών και έκανε μεταπτυχιακές σπουδές στα Πανεπιστήμια του Reading και London School of Economics σε θέματα Ευρωπαϊκής Ενοποίησης, Στρατηγικής και Ασφάλειας στην Ευρώπη και Πολιτικής Ευρωπαϊκής Ιστορίας.
• Δημοσίευσε τα βιβλία «Προβλήματα Δημοκρατίας» (2000), «Ελληνική Οικονομία σε κρίση - Μία πολιτική προσέγγιση» (1989) και την «Συγκριτική Μελέτη της Πολιτικής του Ελευθέριου Βενιζέλου και του Κωνσταντίνου Καραμανλή στο Κυπριακό Ζήτημα μέχρι την Ανεξαρτησία της Κύπρου» (1986).
• Ξεκίνησε την πολιτική του δράση ως μέλος της ΟΝΝΕΔ το 1974 και διετέλεσε Πρόεδρος της ΔΑΠ-ΝΔΦΚ στη Μεγάλη Βρετανία.
Το 1990 πολιτεύθηκε για πρώτη φορά και εξελέγη βουλευτής της Νέας Δημοκρατίας στο Νομό Ηρακλείου. Από τότε εκλέγεται αδιαλείπτως βουλευτής του Ελληνικού Κοινοβουλίου.
• Κατά τη διάρκεια της κοινοβουλευτικής του θητείας έχει καταθέσει σειρά προτάσεων νόμων, μεταξύ άλλων: «Για την σύσταση, χρηματοδότηση και οικονομικό έλεγχο των πολιτικών κομμάτων και για την ρύθμιση και τον έλεγχο των εκλογικών δαπανών», «Για τη διαφάνεια στην ανάθεση των Δημοσίων Έργων», «Για τη διαφάνεια στο ιδιοκτησιακό καθεστώς των ΜΜΕ», «Για τον τρόπο διεξαγωγής και παρουσίασης των δημοσκοπήσεων», «Για την προβολή των υποψηφίων βουλευτών από τα ΜΜΕ κατά την προεκλογική περίοδο» κ.ά.
Συνέταξε το κείμενο απόφασης της Ελληνικής Βουλής για το Μάαστριχτ (η οποία αποτέλεσε την ελληνική συμβολή στη διακοινοβουλευτική διάσκεψη των Ευρωπαϊκών Κοινοβουλίων στη Ρώμη) καθώς και την πρόταση του Ελληνικού Κοινοβουλίου για την αναθεώρηση της Συνθήκης του Μάαστριχτ.
Διετέλεσε μέλος της ειδικής διαρκούς επιτροπής ευρωπαϊκών υποθέσεων της Βουλής των Ελλήνων.
Διετέλεσε Γενικός Εισηγητής για τους προϋπολογισμούς των ετών 1995 και 2010.
Είναι Κοινοβουλευτικός Εκπρόσωπος της Νέας Δημοκρατίας από το 2009.
• Διετέλεσε Υπουργός Εμπορικής Ναυτιλίας, από το Μάρτιο του 2004 έως το Σεπτέμβριο του 2007. Κατά την θητεία του υλοποίησε την συμφωνία για την πρώτη μεγάλη ιδιωτικοποίηση της χώρας με την κινεζική εταιρεία Cosco στο λιμάνι του Πειραιά.
• Από το 2007 εκπροσωπεί την Ελλάδα στη διακοινοβουλευτική διάσκεψη του Συμβουλίου της Ευρώπης και στη Γενική Συνέλευση του ΝΑΤΟ.
• Διετέλεσε Γραμματέας της Πολιτικής Επιτροπής της Νέας Δημοκρατίας από τον Αύγουστο του 2012 μέχρι το 9ο Τακτικό Συνέδριο του κόμματος τον Ιούλιο του 2013.
• Έχει διατελέσει εκπρόσωπος του κόμματος της ΝΔ σε συνεδριάσεις του Ευρωπαϊκού Λαϊκού Κόμματος.
• Oρίστηκε Υπεύθυνος του προεκλογικού αγώνα για τις Ευρωεκλογές 2014 με απόφαση του πρωθυπουργού και προέδρου της Ν.Δ. Αντώνη Σαμαρά.